El Shaddai: Ascension of the Metatron konusunu Musevi inancının kutsal kitabı Eski Ahit'ten alıyor. Oyunun hikayesi Eski Ahit'te bahsedilen Book of Enoch'tan (Hanok'un Kitabı) geliyor. Ana karakterimiz Enoch, Tanrı tarafından cennette yazman (katip) olarak görevlendirilmiştir ve şimdi amacı insanlığı kurtarmaktır.