Deus Ex: Mankind Divided, 2029 yılında Human Revolution'dan 2 yıl sonrasını konu alacak. Oyunun hikayesinde Adam Jensen, devlet tarafından desteklenen Task Force 29'un içerisinde karşımıza çıkacak. Ancak Jensen'ın yeni bir terör akımına karşı Interpol bünyesinde kurulan Task Force 29'a tamamen güvenmediği, hikayenin de bu doğrultuda işlediği belirtiliyor.