İlk oyunda ortalığı birbirine katan kahramanımız Alex Mercer bu defa hedef konumunda. Manhattan'daki bir morgda uyandıktan sonra kendisine saldıranları yok eden ve bu sırada çok sayıda sivili de öldüren Alex'in James Heller'ın da ailesini yok etmiştir. Şimdi hesap verme zamanı.
Prototype 2'de orduya virüse karşı savaşmak için katılan James Heller da malesef Alex'in kaderine ortak olmuştur. Artık o da üstün yeteneklere sahip ve düşmanı sadece Alex değil, aynı zamanda ordunun kendisidir.
İlk oyundan 14 ay sonra geçecek olan Prototype 2'ye ait yeni ekran görüntüleri yayınlandı. Bu görüntülerde James Heller yine ortalığı dağıtıyor. Nisan 2012'de PC, Xbox 360 ve Playstation 3 ekranlarında bu maceraya ortak olacağız.
